預約指定座席
僅限從官方網頁購買！於網頁預約指定座席
●預約座位不需追加費用。
於專用網頁購買的旅客
可從專用網頁（JAPAN RAIL PASS Reservation）預約座位
透過專用網頁（JAPAN RAIL PASS Reservation）購買日本鐵路通票時，可以在該網頁上預約座位。乘車前，請務必至JR車站的預約座位售票機或綠色窗口（售票處）領取座位預定券。
於兌換及取票後，自行預約及開立指定座席券
於售票處預約及開立指定座席券時
透過預約座位售票機預約及發行預約座位的方法
1.何謂預約座位售票機
使用JR車站內的預約座位售票機，不須在窗口排隊即可預約及發行日本鐵路通票的預約座位。一部分車站可能沒有預約座位售票機。
2.預約座位的預約及發行
①使用預約座位售票機讀取日本鐵路通票上標示的QR碼（或輸入通票上標示的識別號碼），並輸入護照號碼。
②輸入希望搭乘的區間、日期等，並選擇列車及設備。（已事先於網頁銷售服務預約座位的旅客，請選擇欲發行的車票行程。）
③確認內容，如果沒有錯誤即可發行票券。
即使透過網頁銷售服可以使用日本鐵路通票搭乘的列車中，除部分列車外，所有列車的預約座位皆可預約、發行。但是，不能預約時間段重複的預約座位等實際不能乘坐的行程。務預約了預約座位，也需要透過預約座位售票機發行預約座位券。
請於決定實際搭乘的列車後再預約指定座席。
指定座席券發行後若要更改或取消預約，須至車站窗口辦理。
於綠色窗口（售票處）等處預約、領取預約座位
（售票處）標誌
■預約座位售票機以外的地方，可至JR車站的旅行中心、綠色窗口（售票處）或JR指定的旅行社店鋪出示日本鐵路通票，領取座位預定券。
●窗口受理時間
4:30～23:30（日本時間 UTC+09:00）
●預約座位售票機受理時間
4:30～23:30（日本時間 UTC+09:00）
上述時間為系統上最長的受理時間。各地點的營業時間依各地點而異。
由於擁擠等原因，窗口領取可能需花費較長的時間。 因車站而異，有的車站可能無法領取座位預定券，或是無人駐守。
■新幹線、特急、急行列車，設有綠色車廂預約座位和普通預約座位及非預約座位。
特定的列車，可能沒有非預約座位（全車廂均為預約座位）。
大部分的山陽新幹線（新大阪～博多）「Hikari」號、「Kodama」號列車以及九州新幹線（800系）沒有配備綠色車廂。
只要持有日本鐵路通票即可乘坐非預約座位（東海道、山陽、九州新幹線“希望（Nozomi）”號、“瑞穗（Mizuho）”號除外）。
■使用日本鐵路通票不可搭乘東海道、山陽、九州新幹線的「希望（Nozomi）」號、「瑞穗（Mizuho）」號，不能搭乘預約座位（包含綠色車廂）和非預約座位。可乘坐的列車、車廂、設備及追加費用等詳情，請查閱車輛適用範圍。
■攜帶大型行李（三邊總長160cm以上250cm以內的行李）搭乘東海道、山陽、九州新幹線時，請確認此處。
請注意
如果您在繁忙期使用特定的列車，有時會預約不到您希望的座位。 以下的時期，預約座位非常困難。
- 4月27日～5月6日
舒適季節中的大型連休期間遊客眾多會很壅塞。 - 8月10日～8月18日
盂蘭盆會的期間是日本人省親客流高峰會很壅塞。 - 12月28日～1月5日
公歷年底年初，日本人省親及休假旅行特別擁擠。