普通車用ジャパンレールパスをお持ちの方がグリーン車を利用する場合は、グリーン料金と、利用区間の特急または急行料金が請求されます。

普通車用またはグリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が新幹線や特急列車の普通個室を利用する場合は、新幹線特急料金または特急料金が請求されます。

普通車用またはグリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が特急列車のグリーン個室を利用する場合は、グリーン個室料金に加え、特急料金が請求されます。 グリーンまたは普通用個室を個室定員より少ない人数で利用する場合は、少ない人数分のこども運賃・料金が上記の料金に加えて請求されます。なお、山陽新幹線の普通個室を2名以下でご利用いただくことはできません。
普通車用またはグリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が新幹線のグランクラスを利用する場合は、グランクラス料金と利用区間の特急料金が請求されます。

普通車用またはグリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が寝台特急または 寝台急行列車を利用する場合は、寝台料金に加え、特急または急行料金が請求されます。また、寝台列車で盛岡〜青森間を通過する場合は、盛岡〜目時間のIGRいわて銀河鉄道線と、目時〜青森間の青い森鉄道線の運賃が車内にて請求されます。

普通車用またはグリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が乗車整理券または、ライナー券を必要とする列車を利用する場合は、乗車整理料金または、ライナー料金が請求されます。

乗車中に日付が変わり、有効期間終了日の翌日にまたがる場合、運賃は最初の改札口を出るところまで有効で、料金は有効期間終了日から乗車している列車を降りるところまで有効です。

グリーン車用ジャパンレールパスをお持ちの方が普通車指定席または自由席を利用する場合でも、旅客運賃・料金の払い戻しはいたしません。

指定席が満席の場合は自由席を利用しなければなりません。この場合でも、旅客運賃・料金の払い戻しはいたしません。

ジャパンレールパスは交付された本人のみが使用することができ、他の誰にも譲渡・貸与することはできません。